大鳞副泥鳅转录组分析、SNP开发及生长相关分子标记的筛选

【摘要】本研究采用2011年构建的大鳞副泥鳅混合群体，进行二代测序，获得SNP标记信息，通过PCR-SSCP验证，筛选得到可用的SNP标记；利用筛选的SNP标记对2013年构建的3个大鳞副泥鳅家系进行遗传结构分析，并进行了SNP标记与生长性状相关性分析，为大鳞副泥鳅的分子育种提供一定的技术支撑。主要结果如下：1、基于第二代测序的大鳞副泥鳅SNP标记的开发通过IlluminaHiSeq2000测序平台，对两个大鳞副泥鳅样本的转录本进行了高通量测序，其中AB2011M-1是群体中生长较快的10尾鱼的混合转录本，AB2011M-2是生长较慢的10尾鱼的混合转录本。通过对以上两个混合转录本的测序，分别获得了65,536和80,786个SNP突变；对两个测序样本表达差异的比较，获得了39个表达差异基因和72个差异SNP位点。随机选取120个位点（包括72个差异SNP和48个生长相关SNP）设计引物，进行验证分析，共获得16个有效的多态性标记。2、三个大鳞副泥鳅家系遗传多样性分析采用SNP标记分析了3个家系的遗传结构。结果表明：3个家系的有效等位基因数（Ne）为1.82522.0889,平均观测杂合度（Ho）为0.48530.5139，平均期望杂合度（He）为0.43050.4591。平均多态信息含量（PIC）在0.36500.3891之间，3个家系均表现为中度多态，各位点在家系中的遗传分化均值为0.1093。根据遗传距离采用UPGMA法进行聚类分析，家系AB2013JX-27与AB2013JX-81首先聚为一支，然后再与AB2013JX-7聚类，在下一步育种工作中可进行AB2013JX-27与AB2013JX-7家系间交配。3、SNP标记在大鳞副泥鳅混合和家系群体中的关联性分析利用SPSS20.0软件一般线性模型（generallinearmodel,GLM），对不同SNP位点的基因型与大鳞副泥鳅主要生长性状之间的相关性进行最小二乘分析。发现id67526和id5767在两个混合和家系群体中均表现出与生长性状显著的相关性；id36734、id36725、id36735在构建的混合群体中表现出与性状相关联；位点id67535、id9622、id114、id36726、id5766在构建的3个家系中表现出了与性状相关联。各位点不同的基因型对性状有显著的增强和削弱作用，根据对目标性状的不同需求，在选择亲本时对相应的基因型进行选择，可提高育种效率。
【作者】葛辰；
【导师】凌去非；
【作者基本信息】苏州大学，水生生物学，2014，硕士
【关键词】大鳞副泥鳅；第二代测序；单核苷酸多态性；遗传多样性；生长性状；关联分析；

【参考文献】
[1]张寿芝.新疆少数民族大学生宗教信仰状况和对策研究[D].华东师范大学,马克思主义理论与思想政治教育,2003,硕士.
[2]庞宇.旋毛虫p43与p53核酸疫苗的构建及免疫效果的研究[D].东北农业大学,预防兽医学,2013,硕士.
[3]臧玉卫.股指期货在我国的应用研究[D].天津大学,2003.
[4]高国昌.基于散焦光栅的光束自适应稳定对准技术研究[D].国防科学技术大学,光学工程,2013,硕士.
[5]侯忠生,陈飞.基于元胞模型的列车运营能力研究[J].北京交通大学学报,2014,02:29-36.
[6]李家俊.神奇的材料世界与材料科学[J].天津教育,2014,12:20-23.
[7]阿依努尔.新疆师范大学研究生学籍管理系统的设计与实现[D].吉林大学,软件工程,2012,硕士.
[8]左晶.自救行为立法化之评析[D].湖南师范大学,法律（专业学位）,2014,硕士.
[9]左映华.OLAP与数据挖掘一体化研究和应用[D].北方工业大学,2004.
[10]林玲玲.家具卖场商业展示空间设计研究[D].西安建筑科技大学,设计艺术学,2013,硕士.
[11]盛天宝.煤矿建设项目管理问题研究[D].天津大学,2004.
[12]黄徽,杨平.有序介孔三氧化钨@石墨烯复合材料的制备及可见光光催化性能[A].中国化学会光化学专业委员会.第十三届全国光化学学术讨论会论文集[C].中国化学会光化学专业委员会:,2013:1.
[13]蒋晶.智能ODN中多通道并行光信号监测[D].华中科技大学,光学工程,2013,硕士.
[14]杜金莲,郭文君,迟忠先.用神经网络选择多维数据挖掘空间的研究[J].小型微型计算机系统,2002,09:1100-1103.
[15]王秋颖.我国职务犯罪轻刑化的危害及矫正研究[D].东北师范大学,刑法学,2012,硕士.
[16]王彦巧.高中文言文动词词义系统研究[D].河北师范大学,汉语言文字学,2012,硕士.
[17]张红珍.高校学术创新团队的培育与保障机制研究[D].长安大学,公共管理（专业学位）,2013,硕士.
[18]翟燕玲.论汉英旅游文本翻译中的重写[D].苏州大学,翻译（专业学位）,2013,硕士.
[19]穆杨.初中生人际冲突解决策略及性别角色对其的影响[D].内蒙古师范大学,心理健康教育（专业学位）,2013,硕士.
[20]李玉菊,张秋生.以企业资源为基础的会计要素研究[J].会计研究,2006,01:54-62+94.
[21]何鹏.试析我国养老模式在居住社区规划中的发展趋势[D].清华大学,建筑与土木工程,2002,硕士.
[22]孙姗姗.商业综合体中的高级商务酒店策划与设计初探[D].苏州大学,艺术设计（专业学位）,2014,硕士.
[23]龚树立,文剑,吴逸民,杨玉铮,杨则宜,周丽丽,高红,徐葆华,李肃反.大豆多肽运动饮料的研制[J].食品与发酵工业.2003(04)
[24]刘沛沛.反倾销成本会计问题研究[D].山东财经大学,会计学,2012,硕士.
[25]梅瀚.广东三峡移民住区规划与建筑改造设计研究[D].华中科技大学,建筑设计及其理论,2013,硕士.
[26]时雯.传热能力对光伏电池特性的影响[D].重庆大学,动力工程及工程热物理,2014,硕士.
[27]谢丽丽.模型化合物及煤热解过程中硫释放行为的研究[D].内蒙古大学,应用化学,2014,硕士.
[28]李菁.促进公务员能力提升的能级管理改革研究[D].华中师范大学,公共管理,2014,硕士.
[29]刘文耀.福建师范大学学生肠易激综合征的流行病学调查及证型分类[D].福建中医药大学,中西医结合临床,2012,硕士.
[30]刘慧敏.基于行动研究法的预科汉语听说训练教学与研究[D].华中师范大学,汉语国际教育,2014,硕士.
[31]杨奋华.人工磁导体特性研究及天线应用[D].华侨大学,信息与通信工程,2013,硕士.
[32]苏敏,郭志军,麦青,张九鼎,刘树桥.化学镀非晶态镍磷合金工艺的开发与应用[J].石油化工设备.1993(02)
[33]张凯.检测腺苷脱氨酶活性和研究蛋白质间电子传递的电化学新方法[D].南京农业大学,2009.
[34]王霖鸿.基于J2EE的企业级项目管理系统的分析与设计[D].吉林大学,软件工程,2004,硕士.
[35]顾鑫.网络服务提供商著作权侵权责任比较研究[D].辽宁大学,国际法学,2012,硕士.
[36]刘永波.我国农业保险发展及其支持政策研究[D].中南林业科技大学,农村与区域发展,2012,硕士.
[37]苏星.“国培计划”农村骨干教师培训模式研究[D].湖北大学,教育学原理,2012,硕士.
[38]王绍中,茹天祥.丘陵红粘土旱地冬小麦根系生长规律的研究[J].植物生态学报,1997,02:80-95.
[39]孔欣.基于双目立体视觉的手势识别研究[D].华南理工大学,控制工程,2012,硕士.
[40]牛萌萌.邓小平政府形象思想研究[D].浙江财经学院,马克思主义中国化研究,2013,硕士.
[41]臧国心,戴天虹,张润泽.关联规则的价值衡量方法[J].哈尔滨师范大学自然科学学报,2002,06:14-20.
[42]陈莉翠.La-Mg-Ni基A_2B_7型贮氢合金的微观结构和电化学性能研究[D].内蒙古科技大学,材料加工工程,2013,硕士.
[43]张延华,刘相华,王国栋.基于数据挖掘的中厚钢板轧制负荷分配方法的研究[J].钢铁,2005,04:43-45+52.
[44]周全.论基于知识管理的社科信息服务[J].中国图书馆学报,2004,02:40-43.
[45]方翠璐.中山市个人所得税现状分析及改革研究[D].电子科技大学,工商管理（专业学位）,2012,硕士.
[46]陈立明.加强河北省省级体育社团管理的研究[D].河北大学,公共管理（专业学位）,2014,硕士.
[47]李娟.城市交通系统中行人交通视频检测的理论与方法[D].北京交通大学,2010.
[48]解梦霞.农村社会发展中新型农村社会养老保险制度研究[D].山西师范大学,马克思主义理论,2013,硕士.
[49]汪文雄,杨钢桥,李进涛.农户参与农地整理项目后期管护意愿的影响因素研究[J].中国土地科学,2010,03:42-47.
[50]陈振.小额民事诉讼程序研究[D].内蒙古大学,法律,2014,硕士.