基于RNA-Seq技术筛选的功能性融合转录本TSNAX-DISC1与子宫内膜癌发生发展的关联研究

【摘要】作为一种特殊的个体突变，融合基因是由两个相邻基因的全部或一部分序列相互融合，通过基因间剪接从而形成的一种新的转录物。越来越多的研究表明，融合基因与多种肿瘤的形成和发展密切相关，但是与子宫内膜癌的相关性研究还尚未报道。本研究采用IluminaHiSequence2000测序平台对9对子宫内膜癌和癌旁组织进行100bp双末端转录本测序检测差异表达的融合基因。结果发现位于子宫内膜癌易感区域1q42.2内的融合转录本TSNAX-DISC1在子宫内膜癌和癌旁组织中存在显著的表达差异，该融合转录本在多数癌组织中的表达水平显著上调。利用逆转录聚合酶链反应（reversetranscriptionPCR，RT-PCR）的方法，我们发现融合转录本TSNAX-DISC1并非通过染色体重排的方式形成，而是由相邻基因TSNAX和DISC1的基因间剪接导致的。进一步的数据分析显示，CCCTC-结合因子（CTCF）在TSNAX和DISC1基因间的绝缘子元件上的结合强度与该融合转录本的表达水平呈负相关。位于TSNAX和DISC1基因间的长链非编码RNAlincRNA-NR034037，通过干扰绝缘子与CTCF的相互作用调控融合转录本TSNAX-DISC1的形成以及TSNAX/DISC1的表达水平。另外，荧光素酶报告基因以及染色质免疫共沉淀（ChIP）实验结果显示，异常表达的TSNAX可显著抑制TRAX、Translin和SF-1三者形成的蛋白复合体在类固醇激素合成急性调控蛋白（StAR）基因启动子上的募集，调节StAR基因的转录活性。这些研究结果表明，lincRNA-NR034037可能通过调控融合转录本TSNAX-DISC1的形成，参与子宫内膜癌的病理过程。
【作者】李娜；
【导师】周翊峰；
【作者基本信息】苏州大学，遗传学，2014，硕士
【关键词】融合转录本；基因间长链非编码RNA；基因间剪接；高通量转录本测序；子宫内膜癌；

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