甘蔗线条花叶病毒和高粱花叶病毒的分子进化研究

【摘要】甘蔗花叶病是一种重要的甘蔗病害，在世界各大甘蔗产区广泛分布发生。云南是我国第二大甘蔗产区，甘蔗花叶病在该产区普遍发生，但其病原种类、发生分布特征等方面尚不明确。甘蔗花叶病毒（Sugarcanemosaicvirus，SCMV）、高粱花叶病毒（Sorghummosaicvirus，SrMV）和甘蔗线条花叶病毒（Sugarcanestreakmosaicvirus，SCSMV）是已报道的能够引起甘蔗花叶病的三种主要病原，其中SCMV和SrMV属于马铃薯Y病毒科（Potyviridae）马铃薯Y病毒属（Potyvirius），SCSMV属于Potyviridae禾本科病毒属（Poacevirus）。目前，关于SCSMV和SrMV分子进化方面的研究很少。因此，本研究首先调查了云南甘蔗花叶病病原的发生分布状况，并对SCSMV和SrMV开展了系统的分子进化研究。2009-2012年，对云南甘蔗产区以及国家甘蔗种质资源圃内324个甘蔗花叶病样品进行RT-PCR检测，结果发现：SrMV、SCMV和SCSMV是引起云南甘蔗花叶病的三种病原。其中，SrMV在不同品种、不同地区的检出率在34%以上，是云南甘蔗花叶病的主要病原；SCSMV在元江地区的检出率高达50%，已成为云南甘蔗花叶病的重要病原之一，并且具有逐年加重的趋势；SCMV的检出率较低，但在部分品种中检出率可达41%。混合侵染现象明显，SrMV多与SCSMV、SCMV共侵染，SCSMV与SCMV共侵染现象零星存在，但未发现三种病毒共侵染的现象。本研究首次报道了SCSMV在国内甘蔗产区的发生分布状况。在云南省甘蔗产区和国家甘蔗种质资源圃内选取了32个SCSMV分离物样品，测定了其基因组序列。结合GenBank中已报道的SCSMV的相关分离物信息，我们对SCSMV的P1、HC-Pro、NIa和CP四个蛋白编码区进行了系统的分子进化研究。分析结果显示：突变、负选择作用以及遗传漂变（建立者效应）是驱动SCSMV进化的主要作用力，重组在SCSMV分子进化中作用不明显；SCSMV不同分离物形成两个独立的种群，这两个种群在中国和印度皆有分布，但尚不能明确其起源；SCSMV在中国和印度处于一个种群剧烈扩张（爆发）趋势中。在SrMV的分子进化研究中，我们主要分析了位于SrMV多聚蛋白两端的P1和CP蛋白编码区序列。研究结果显示：本研究所获SrMV分离物以及GenBank中已报道的分离物，在P1和CP蛋白编码区中都形成2个大组，组间具有很高的遗传差异，平均遗传距离分别达到61%和23%，接近Potyvirus种间的分类标准，可能代表了两种不同的病毒；SrMV的分子进化受负选择作用以及遗传漂变（建立者效应）的强烈影响，重组的驱动作用不明显；系统发生分析以及组间、亚组间遗传距离分析表明SrMV云南分离物表现出很高程度的遗传多样性，云南可能是SrMV一个多样性分布中心。
【作者】贺振；
【导师】李世访；
【作者基本信息】中国农业科学院，植物病理学，2014，博士
【关键词】甘蔗花叶病；甘蔗线条花叶病毒；高粱花叶病毒；分子进化；系统发生；

【参考文献】
[1]李进.地下室外墙单面模板支撑体系研究与应用[D].重庆大学,建筑与土木工程（专业学位）,2014,硕士.
[2]胡珊.互动多媒体展品观众评价体系研究[D].浙江工业大学,2012.
[3]熊应国.高精度GPS实时变形监测软硬件系统开发与研究[D].长安大学,测绘工程（专业学位）,2013,硕士.
[4]韩众.几类非线性方程的可积性与求解[D].中国矿业大学,计算数学,2014,硕士.
[5]胡德勤.论建立我国产品缺陷判断标准体系兼评《产品质量法》第46条[D].上海社会科学院,民商法学,2012,硕士.
[6]刘静.唐順宗至穆宗時期墓志字词校释[D].河北大学,汉语言文字学,2014,硕士.
[7]韩涛.啤酒酿造中高温发酵低产杂醇油酵母菌种的选育[D].天津科技大学,发酵工程,2004,硕士.
[8]焦宁.基于LED阵列的高速相机闪光光源设计[D].中北大学,仪器仪表工程,2014,硕士.
[9]李乐春.中国文化服务贸易竞争力研究[D].贵州财经大学,国际贸易学,2013,硕士.
[10]毛麾民.高校计算机实验室教学辅助系统的设计与实现[D].西南交通大学,教育技术学,2013,硕士.
[11]胡春香.基于三维自支撑的碳纸复合材料的制备及其储电性能研究[D].江西师范大学,2014.
[12]刘潇华.水稻光温敏雄性核不育和三明显性核不育基因的分子定位[D].福建农林大学,作物遗传育种,2010,硕士.
[13]吴晓峰.基于机尾断面红外特征构建烧结过程温度三维趋势图的方法研究[J].冶金自动化,2007,02:14-18.
[14]瞿智军.电子数据在检察机关的运用[D].上海交通大学,法律,2013,硕士.
[15]朱岩.现代金融中介理论与我国全能化银行发展[D].首都经济贸易大学,金融学,2004,硕士.
[16]程沁.苏州高新区数字城管信息化建设项目可行性分析[D].南京理工大学,项目管理,2012,硕士.
[17]乔宇.肿瘤细胞转移相关因子OPN表达调控机制的研究[D].山东师范大学,细胞生物学,2013,硕士.
[18]胡荣.《长江文艺》研究[D].湖北大学,中国现当代文学,2012,硕士.
[19]张晨光.泰安市会展业发展现状及对策研究[D].山东大学,公共管理（专业学位）,2013,硕士.
[20]林承园.清初至民国时期的汉口徽商[D].安徽大学,经济史,2013,硕士.
[21]陈建华.略论呼啸山庄的哥特因素[D].河北师范大学,英语语言文学,2012,硕士.
[22]郑池慧.朝鲜半岛针灸历史的初步研究[D].北京中医药大学,针灸推拿学,2013,硕士.
[23]卢刚.内源性胍丁胺对痛阈及吗啡作用的影响[D].山西医科大学,药理学,2002,硕士.
[24]李璐.明清瓷器上的仕女图研究[D].中国社会科学院研究生院,文物鉴定与修复（专业学位）,2014,硕士.
[25]常明星.多发性骨髓瘤中C-MYC、HIF-1α及VEGF表达异常的研究[D].山西医科大学,血液病学,2013,硕士.
[26]郑吉平,秦小麟.数据挖掘中采样技术的研究[J].系统工程与电子技术,2005,11:132-135.
[27]杨守恩.社会公正领导理论研究[D].南京师范大学,教育经济与管理,2012,硕士.
[28]郭桂莲.基于梯度相似性的图像质量评价[D].南京理工大学,信号与信息处理,2013,硕士.
[29]葛昕.混凝土内部湿度与干缩变形关系的研究[D].哈尔滨工业大学,道路与铁道工程,2013,硕士.
[30]姚小龙.基于ZiBee技术的无线消防报警系统的设计与实现[D].西安电子科技大学,计算机技术,2012,硕士.
[31]吴瑶.基于Aspen Plus对耦合化学链燃烧的焦炉煤气重整制氢系统性能的研究[D].重庆大学,动力工程及工程热物理,2014,硕士.
[32]赵荣珍,张优云.基于Roughset知识获取的故障数据表聚类离散化方法研究[J].机械工程学报,2005,01:145-150.
[33]李宝顺,顾春霞,包亚萍,李义丰.一种基于图像单应性矩阵的投影仪标定方法[J].安徽大学学报(自然科学版).
[34]陈琳.基于CREB信号转导通路研究人参总皂苷抗抑郁模型小鼠海马结构可塑性损伤的机理[D].南京中医药大学,中西医结合基础,2014,博士.
[35]彭凌川.物业经理工作压力源、组织支持感与工作倦怠关系研究[D].浙江大学,2007.
[36]龙娇秀.静电纺丝法制备聚酰亚胺及聚酰亚胺/钯复合纳米纤维膜[D].北京化工大学,材料科学与工程,2013,硕士.
[37]叶策.基于CIM/XML的电力系统数据仓库的研究和设计[D].浙江大学,2002.
[38]张经经.松嫩平原实验黄蒿种群构件表型可塑性研究[D].东北师范大学,生态学,2012,硕士.
[39]刘凡.基于AD+TRIZ快速夹紧机构创新设计[D].苏州大学,机械工程（专业学位）,2013,硕士.
[40]王舒雅.太平天国公文研究[D].南京师范大学,应用文体学,2014,博士.
[41]吴源源,段立功.基于WebServices的SAR地面处理系统的研究[J].计算机工程与设计,2005,11:134-136+241.
[42]段春龙.闭孔泡沫铝表层轧实成形的研究[D].燕山大学,机械设计及理论,2013,硕士.
[43]秦征.论辩护律师的侦查监督权[D].华中师范大学,诉讼法,2014,硕士.
[44]陈振宇.大力发展钢铁工业低成本自动化[J].冶金自动化,1993,04:3-6+56.
[45]陈春娥.基于.NET的分布式应用系统的分析与设计[D].西安理工大学,控制理论与控制工程,2004,硕士.
[46]王艳明.马克思生态思想及其当代价值[D].辽宁大学,马克思主义哲学,2012,硕士.
[47]蒋蓉燕.天山·米立方项目节能评估研究[D].山东大学,项目管理（专业学位）,2012,硕士.
[48]邓小力.相关分析在封堵率计算中的应用[J].石油地球物理勘探,1990,06:676-684+761.
[49]王向平,徐磊,张晓秋.同塔并架四回线中线路保护的适应性[J].电力系统自动化,2007,24:80-85.
[50]高秀娟.职业生涯早期文职护士职业成熟度他评量表的研制[D].山西医科大学,护理学,2013,硕士.