基于二代测序技术的结直肠癌中Wnt通路相关基因的indel检测与细胞功能研究
【摘要】TFDP1,全称为TranscriptionfactorDp-1,是一种重要的转录因子,是与癌症密切相关的Wnt/β-catenin信号通路中的一员。TFDP1的生物学功能主要是与转录因子E2F结合形成异源二聚体,抑制其下游Wnt/β-catenin通路的表达,实现对细胞周期和细胞分化等功能的调控。近年来对消化系统恶性肿瘤的研究发现,90%以上的结直肠癌存在着Wnt/p-catenin信号通路的异常激活,通常伴随着该通路中某些关键成员的基因变异,如APC、p-catenin、Axin等基因的插入／缺失突变,即indel。研究这些Wnt/β-catenin信号通路中重要基因的变异对结直肠癌的发生和发展的影响,对检测与治疗结直肠癌具有重要意义。然而,作为与该信号通路相关的众多转录因子中的一员,TFDP1基因的变异与结直肠癌之间的关系尚未有相关的深入研究。indel的含义为基因组中一段核酸序列的插入或缺失,以单核苷酸的插入/缺失最为常见。很多研究显示,基因组中的indel与癌基因激活之间存在着密切的联系。目前,检测indel突变的最常见方法为第二代高通量测序技术,它具有高通量、快速、高效的优势,对基因组研究带来了革命性的变革。然而,以往对于癌症的基因突变检测大部分还停留在对单个基因或者全基因组的外显子区域进行研究,对于特定基因的上游调控基因和下游靶基因等区域的研究鲜有报道。为了研究Wnt/β-catenin信号通路的成员之间的上下游调控关系对结直肠癌致病机理的影响,有必要对相关基因的包括上下游及内含子在内的全基因组区域进行检测。在本文的第一部分,我们以Wnt/p-catenin信号通路的31个重要基因为目标,利用NimbleGen序列捕获技术将30对结直肠癌及癌旁DNA样品的进行捕获,随后通过第二代高通量测序技术进行测序研究。最终,我们鉴定出了上1110个从未被报道过的indel突变,其中很多indel位于基因的上下游区域及基因间区域。在本文的第二部分,我们以TFDP1基因中新发现的inde184作为研究对象,将带有inde184的TFDP1基因在结直肠癌细胞中过量表达,通过检测TFDP1基因的变异给细胞功能带来的变化,发现了inde184对细胞增殖、细胞迁移和细胞侵袭等功能的促进,为进一步揭示结直肠癌的发生和发展的机理提供了理论依据。
【作者】陈辰；
【导师】林标扬；杨卫军；
【作者基本信息】浙江大学，生物学，2013，博士
【关键词】结直肠癌；TFDP1；indel；第二代测序技术；序列捕获技术；细胞功能；Wnt/β-catenin信号通路；
【参考文献】
[1]朱亚龙.基于Matlab代码生成的永磁同步电机控制软件设计[D].吉林大学,无线电物理,2014,硕士.
[2]王晓芳.运输政策变迁的制度分析[D].北京交通大学,2006.
[3]赵一丛.城镇职工基本养老保险省级统筹与全国统筹给付水平差异分析[D].辽宁大学,社会保障,2012,硕士.
[4]常涛.绝经后女性盆底功能障碍患者阴道前壁及主骶韧带中TGF-β3、LN及RLX表达及意义[D].山西医科大学,妇产科学,2013,硕士.
[5]汤洁.合理的物流管理及其对交通污染的影响[D].太原理工大学,建筑技术科学,2004,硕士.
[6]孙梦驰.北宋前期班序制度初探[D].山东大学,中国史,2013,硕士.
[7]苏晓宇.股东知情权研究[D].沈阳师范大学,民商法学,2014,硕士.
[8]方莉.流动人口青少年犯罪行为成因辨析[D].吉林大学,人口学,2013,硕士.
[9]闫化强.安徽区域经济差异与协调发展研究[D].安徽大学,区域经济学,2013,硕士.
[10]李文娇.基于语义分析的垃圾页面检测算法研究[D].大连理工大学,软件工程（专业学位）,2013,硕士.
[11]孙学峰.杭州市教师研修管理系统设计与实现[D].电子科技大学,软件工程（专业学位）,2012,硕士.
[12]邢辰.地下停车场综合信息监控软件设计[D].北方工业大学,检测技术与自动化装置,2013,硕士.
[13]王会才,赵修青,姚晓霞,马振华,王建伟,柴秀琴.铵盐功能化氧化石墨烯的制备及其吸附性能[J].天津工业大学学报,2015,02:48-52.
[14]李盈懿.中国政府在历次朝核危机中的外交政策分析[D].复旦大学,外交学,2012,硕士.
[15]陈雯.武陵山片区区域旅游合作研究[D].中南民族大学,中国少数民族经济,2013,硕士.
[16]秦丹,马光志.基于挖掘技术的音乐风格识别系统[J].计算机工程与设计,2005,11:236-238.
[17]黄路炜,肖宏,韩宇刚,陈民子.浅层地下水开采对高速铁路路基的影响[J].上海国土资源,2014,04:127-129+133.
[18]周文超.我国不同地区特色品种小米淀粉理化性质的研究[D].黑龙江八一农垦大学,农产品加工及贮藏工程,2013,硕士.
[19]龙正陶.石化项目劳务用工管理研究[D].西南交通大学,工业工程（专业学位）,2013,硕士.
[20]沈章军,孙庆业,田胜尼.铜尾矿自然定居白茅对体内氮磷的适时分配及叶片氮磷代谢调节酶活性动态[J].植物生态学报,2012,02:159-168.
[21]严丹.基于TSI框架的CRM系统的研究与实现[D].湖南师范大学,软件工程（专业学位）,2013,硕士.
[22]杨溢.水溶性偶氮类引发剂引发聚羧酸系减水剂的合成与性能研究[D].中北大学,材料学,2014,硕士.
[23]刘志远.宝格德乌拉一带多金属矿勘查中综合物探模式的研究[D].石家庄经济学院,矿产普查与勘探,2013,硕士.
[24]吴文明.白细胞介素-6在人工关节置换术前后的变化规律及意义[D].辽宁医学院,外科学,2012,硕士.
[25]王亚轲.M87的TeV辐射的光变曲线研究[D].中国科学技术大学,天体物理,2014,硕士.
[26]宗涛,孟鸿鹰,刘贵忠,武拴虎.无约束正反向预测误差最小反褶积[J].石油地球物理勘探,1997,05:637-644+750.
[27]侯澍旻,李友荣,刘光临.基于数据挖掘的高线轧机远程监测与诊断研究[J].重型机械,2005,03:21-23.
[28]记者房琳琳.大规模制备石墨烯材料被证可行[N].科技日报,2015-05-27002.
[29]高杨.Peroxiredoxin6参与电针预处理脑保护作用及其机制研究[D].第四军医大学,麻醉学（专业学位）,2014,硕士.
[30]郭曼.我国通货膨胀的动态机制研究[D].江西财经大学,金融学,2013,硕士.
[31]武新星.测井资料管理系统的设计与实现[D].大连理工大学,软件工程（专业学位）,2012,硕士.
[32]丁美娟.鸡滑液囊支原体的分离鉴定及部分生物学特性研究[D].南京农业大学,预防兽医学,2013,硕士.
[33]李岩.氯离子在混凝土中的渗透性能与钢筋腐蚀临界浓度的试验研究[D].南京水利科学研究院,材料学,2003,硕士.
[34]吴振刚.递推序列的算术性质研究[D].西北大学,基础数学,2014,博士.
[35]徐文星.应用CYP2C9和VKORC1基因多态性评估患者实用华法林的剂量[D].苏州大学,心血管病学,2013,硕士.
[36]王莎莎.替米沙坦对非酒精性脂肪性肝病大鼠肝脏及大网膜组织中抵抗素表达的影响[D].河北医科大学,内科学,2013,硕士.
[37]严华夏.严寒地区低能耗建筑多种能源互补的供暖供冷系统[D].哈尔滨工业大学,供热、供燃气、通风及空调工程,2013,硕士.
[38]陈静茜.表演的狂欢：网络社会的个体自我呈现与交往行为[D].复旦大学,广播电视学,2013,博士.
[39]王达光.高可靠性多媒体中央控制系统研究[J].玉林师范学院学报.2005(03)
[40]郑洁.企业资源与企业当责关系的研究[D].厦门大学,企业管理,2014,硕士.
[41]张锐.图的Ramsey数及相关极图问题的研究[D].北京交通大学,2014.
[42]高啸.遥感影像城市范围自动提取方法研究[D].西北大学,地图学与地理信息系统,2014,硕士.
[43]彭武良,王成恩.关键链项目调度模型及遗传算法求解[J].系统工程学报,2010,01:123-131.
[44]赵堃宇.多端柔性直流输电系统控制策略及故障保护研究[D].哈尔滨工业大学,电气工程,2013,硕士.
[45]陈智锟.侨乡妇女涉外婚姻研究[D].福建师范大学,社会学,2013,硕士.
[46]张发强.雪菊化学成分的提取分离与结构鉴定[D].吉林大学,有机化学,2014,硕士.
[47]戚琳.场协同太阳能海水淡化系统关键技术研究[D].青岛理工大学,供热、供燃气、通风及空调工程,2012,硕士.
[48]冯伟.我国基层公务员能力建设研究[D].东北大学,行政管理,2010,硕士.
[49]郑晓芳.陈独秀利用资本主义发展社会主义经济思想研究[D].扬州大学,马克思主义基本原理,2011,硕士.
[50]徐佳,吴思达,刘江,王潜,杨全红,王璞.基于氧化石墨烯被动锁模的窄线宽皮秒脉冲掺铒光纤激光器[J].中国激光,2012,07:5-8.
