新疆额尔齐斯河贝加尔雅罗鱼线粒体基因组分析和遗传多样性研究

【摘要】贝加尔雅罗鱼(Leuciscusbaicalensis)属于硬骨鱼纲(Osteichthyes)幅鳍亚纲(SubclassNeopterygii)骨鳔总目鲤形目(Cypriniformes)鲤科(Cyprinidae)雅罗鱼亚科雅罗鱼属(Leuciscus)。本文以贝加尔雅罗鱼为研究对象,研究了其线粒体基因组,此外,运用DNA条形码技术对不同地点的贝加尔雅罗鱼线粒体DNA的D-Loop进行了遗传分析,分析了它们的多样性。主要结果如下：1.线粒体全基因组研究贝加尔雅罗鱼线粒体基因组全长16606bp,主要包括37个基因(13个蛋白质编码基因,2个rRNA基因,22个tRNA基因)和1个非编码控制区。几乎所有的蛋白质编码都是以ATG开头,除了COX1是以GTG起始的。而终止密码子比较多变,有TAA、TA、T和TAG。全序列的测定为贝加尔雅罗鱼的分类鉴定和遗传学研究提供了理论基础。此外,本文利用贝加尔雅罗鱼和其他共欧美地区、拉丁美洲地区、东亚地区的20种雅罗鱼亚科物种的11个蛋白质编码序列,构建了20种雅罗鱼亚科物种的系统发育树。2.额尔齐斯河贝加尔雅罗鱼遗传多样性研究运用线粒体控制区序列对额尔齐斯河贝加尔雅罗鱼4个地理种群的遗传多样性和遗传结构进行研究,共获得136条930bp序列,53个单倍体中检测出29个多态位。研究结果显示,贝加尔雅罗鱼的遗传多样性较低,其中单倍体多样性在0.910-0.973,核苷酸多样性为0.00349-0.00434。遗传分化指数和系统发育树结果显示4个地理群体没有明显的区域遗传分化。中性检验和歧点分布图显示贝加尔雅罗鱼没有经历过种群扩张。中介网络图显示,种群距离和种群差异无关。AMOVA分析显示,贝加尔雅罗鱼的变异系数FST=-0.00858,总遗传变异中,种群内部变异为100.86%,种间变异为-0.86%,变异主要来自种群内部。
【作者】胡思帆；
【导师】马徐发；
【作者基本信息】华中农业大学，水产养殖，2014，硕士
【关键词】贝加尔雅罗鱼；线粒体基因组；系统发育；遗传多样性；线粒体控制区；

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