北方须鳅线粒体基因组序列测定及鳅科鱼类系统发育分析

【摘要】线粒体是真核生物所不可或缺的双层膜结构的细胞器,动物线粒体DNA(mitochondrialDNA)具有进化速度快,严格母系遗传,不存在基因重组等特征,因此是基因功能研究和物种遗传进化研究的好材料。北方须鳅(Barbatulatoni)隶属于鲤形目、鳅科、条鳅亚科、须鳅属,本研究通过参考北方须鳅的近缘物种须鳅的线粒体基因组全序列,共计设计了26对引物,采用温度梯度PCR技术扩增出了北方须鳅线粒体基因组的全序列,然后运用相关软件对其进行分析研究,结合NCBI中已公布的鳅科鱼类的线粒体基因组信息,构建鳅科鱼类系统发育树,研究结论如下：1.北方须鳅线粒体基因组全长16619bp,其中4721个碱基A,占28.4%,2978个碱基G,占17.9%,4399个碱基T,占26.5%,4521个碱基C,占27.2%,A+T含量为54.9%,明显大于G+C含量,其中D-loop区A+T的含量最高,达到67.3%。2.北方须鳅线粒体基因组总共编码37个基因,即13个蛋白质编码基因(PCGs),2个rRNA基因,22个tRNA基因与1个控制区序列。其中Gln、Pro、Ala、Cys、Asn、Glu、Tyr、SerUCN8个tRNA基因和蛋白质编码基因ND6共9个基因由L链编码,其余28个基因则是由H链编码。3.北方须鳅蛋白质编码基因中COⅠ的起始密码子是GTG,另外12个编码基因则是以ATG行使其功能,北方须鳅的终止密码子使用方面,把TAA作为终止密码子的有NDU、COI、ATP8、ATP6、ND4L、ND5、ND6共7个基因,把TAG作为终止密码子的有ND2、ND3共2个基因,以T作为终止密码子的有COⅡ,COⅢ、Cytb共3个基因,以TA作为终止密码子的有ND4。4.北方须鳅线粒体基因组编码22个tRNA基因,共1557bp,软件预测tRNA的二级结构,可以看出其二级结构为典型的三叶草构型。I2SrRNA基因位于tRNA基因Phe和Val之间,长度950bp,16SrRNA基因位于tRNA基因Val和Leu之间,长度1678bp,两个rRNA基因的A+T含量为53.7%,略低于全序列平均水平含量54.9%。5.通过进行系统分析,可把鳅科鱼类划分为条鳅亚科、沙鳅亚科和花鳅亚科三个亚科,通过研究鳅科鱼类的12SrRNA和16SrRNA基因,证明花鳅亚科是最为进化的类群,条鳅亚科次之,这2个亚科之间亲缘关系比较近,而位于进化树底部的是沙鳅亚科较为原始。其中须鳅和北方须鳅的亲缘关系最近,进化树的置信度为100。
【作者】赵习；
【导师】杨学芬；马徐发；
【作者基本信息】华中农业大学，水产养殖，2014，硕士
【关键词】鳅科；北方须鳅；线粒体基因组；序列分析；系统发育；

【参考文献】
[1]张锋光.淄博市2005-2011年围产儿出生缺陷变化趋势及相关因素研究[D].山东大学,公共卫生（专业学位）,2013,硕士.
[2]何静.胡柚平衡糖尿病ICR小鼠血糖功能及其途径的初步研究[D].南京农业大学,食品科学,2011,硕士.
[3]程亮.军队离退休干部服务管理信息系统的设计与实现[D].厦门大学,软件工程,2014,硕士.
[4]左健宏.基于产业链的CY公司发展战略研究[D].云南大学,工商管理,2012,硕士.
[5]张菲菲,李志刚.触点初始接触电阻的分布特征与寿命相关性研究[J].电子元件与材料,2014,11:.
[6]Mary.兰州化物所高性能超级电容器研究取得系列进展[J].今日电子,2015,Z1:29.
[7]马庆龙.汽车传动系参数优化及软件开发[D].燕山大学,车辆工程,2004,硕士.
[8]陈晓婷.兴凯湖翘嘴鲌(Culter alburnus) H-FABP与LPL基因的克隆及表达[D].东北农业大学,水生生物学,2013,硕士.
[9]严恒.儿童乳牙龋病牙菌斑的微生物多样性分析[D].福建医科大学,口腔医学,2014,硕士.
[10]赵天娇.基于噪声模型的盲源分离技术研究[D].湖南大学,信息与通信工程,2011,硕士.
[11]郝鹏.温度对石墨烯力电耦合力学性质的影响分子模拟研究[A].中国力学学会、西安交通大学.中国力学大会——2013论文摘要集[C].中国力学学会、西安交通大学:,2013:1.
[12]潘士先.双滤波器平滑估计的递推更新[J].自动化学报,1994,01:43-49.
[13]田方.煤矿矿测地理信息系统设计与实现[D].西安科技大学,地图制图学与地理信息工程,2013,硕士.
[14]刘畅.知识产权保护对中国制成品贸易竞争优势影响的实证分析[D].辽宁大学,国际贸易学,2012,硕士.
[15]周辉,何樵登.非线性各向异性波形反演方法[J].石油地球物理勘探,1995,06:725-735+848.
[16]李观来.教学过程因素对高一学生物理学业成绩的影响[D].华中师范大学,心理健康教育,2014,硕士.
[17]戚萌.《左传》用《诗》与中国古代早期诗论的言说方式[D].首都师范大学,文艺学,2014,硕士.
[18]王新民.基于小波和统计学习理论的布匹瑕疵检测与分类技术研究[D].西安电子科技大学,通信与信息系统,2012,硕士.
[19]闫孟红.具有生物防治作用的辣椒内生细菌及根面细菌的分离、筛选和初步鉴定[D].首都师范大学,植物学,2004,硕士.
[20]张照忱.我国上市公司高管薪酬影响因素研究[D].天津财经大学,会计学,2012,硕士.
[21]钟亚玲.强制性公民行为对员工工作倦怠的影响研究[D].江西财经大学,企业管理,2013,硕士.
[22]杨玉.安徽省高新技术产业自主创新能力评价研究[D].安徽大学,产业经济学,2014,硕士.
[23]邓赶生.论我国个人信息保护法律制度的价值平衡[D].安徽大学,法学理论,2014,硕士.
[24]陈莉.论夫妻共同债务制度的完善[D].华侨大学,法律,2013,硕士.
[25]贾阳.新型负压吸引装置对静脉淤血皮瓣治疗的研究[D].河北医科大学,外科学,2014,硕士.
[26]邹树平,秦超,胡忠策,郑裕国.全细胞生物转化二氯丙醇合成环氧氯丙烷的工艺研究[J].现代化工,2014,09:43-46.
[27]李宏毅,施正荣.太阳能光伏发电技术(12)[J].建筑创作.2005(02)
[28]郭利华.李斯文教授学术思想临床经验总结及对肺癌证治规律的研究[D].云南中医学院,中医内科学（专业学位）,2011,硕士.
[29]陈夏.解析解构主义视角下矛盾的异化策略[D].华东师范大学,英语语言文学,2013,硕士.
[30]谢明希.我国网络消费者权益保护法律问题研究[D].首都经济贸易大学,经济法,2014,硕士.
[31]刘洁.J银行提高基层员工有效培训的措施研究[D].北方工业大学,工商管理,2014,硕士.
[32]张丽伟.滨海旅游区旅游安全质量与管理体系研究[D].河北师范大学,人文地理学,2012,硕士.
[33]胡大亮.σ-LFSR序列相关问题研究[D].解放军信息工程大学,密码学,2012,硕士.
[34]尹红燕.色诺芬的史学思想探微[D].内蒙古大学,史学理论及史学史,2014,硕士.
[35]陈占靖.嵌入式仪用定时器的研究[D].黑龙江大学,集成电路工程,2012,硕士.
[36]刘琦.学校体育异化问题的表征、原因与消解[D].湖南师范大学,体育教育训练学,2013,硕士.
[37]李伶俐.中国上市公司会计控制问题研究[D].西南农业大学,会计学,2004,硕士.
[38]康丽丝.上海东方传媒集团有限公司技术创新战略研究[D].广西师范大学,工商管理,2013,硕士.
[39]胡晓女.2005年“短信在中国”高峰论坛侧记——部分精彩观点回放[J].通信世界,2005,37:62-65.
[40]孙婷婷.中国80后与90后面子观之比较研究[D].吉林大学,外国语言学及应用语言学,2013,硕士.
[41]陈蓓.基于核心竞争力的物流企业客户服务研究[D].西南交通大学,2005.
[42]孙杨.ABCC11基因SNP在腋臭发病中作用机制的研究及临床应用的探索[D].中南大学,临床医学,2014,博士.
[43]顾康麟.苏教版高中语文教材叙事性文本分类教学探究[D].苏州大学,教育（专业学位）,2013,硕士.
[44]郑晓霞,郑锡涛,缑林虎.多尺度方法在复合材料力学分析中的研究进展[J].力学进展,2010,01:41-56.
[45]兰德星.一体化运作的房地产企业品牌竞争力增长途径研究[D].西安建筑科技大学,工程经济与管理,2013,硕士.
[46]王丽萍.高中思想政治课学习方式转变探析[D].内蒙古师范大学,教育（专业学位）,2013,硕士.
[47]牟惟仲.我国零售业信息化的教训与经验[J].中国计算机用户,2002,08:11.
[48]王媛.“以房养老”方式的比较与实现研究[D].上海工程技术大学,社会保障,2011,硕士.
[49]尤辰.企业家才能视角下的地方政府行为分析[D].浙江工商大学,产业经济学,2013,硕士.
[50]于金海,胡海青,李永勇.一种新型pH敏感纳米药物载体[A].中国化学会高分子学科委员会.2011年全国高分子学术论文报告会论文摘要集[C].中国化学会高分子学科委员会:,2011:1.