南大西洋可培养细菌多样性分析及其新种分类鉴定

【摘要】深海具有高盐、高压、极酸、极碱、极冷、寡营养、少光照或无光照等特点。深海微生物的培养以及深海生物资源的获取是人类认识其环境作用、研究其功能潜力的前提。目前,人们对南大西洋深海微生物多样性及其功能的研究报道较少。本研究对采集自南大西洋的59个样品(沉积物、海水、飞鱼、斧头鱼、珊瑚等)进行了细菌的分离鉴定。为了获取更多的菌种资源,我们通过直接涂布平板分离、石油富集、重金属富集分离等方法,经过细菌单菌基因组DNA的提取,16SrRNA基因PCR扩增,16SrRNA基因PCR产物纯化及序列测定等步骤,共分离到581株不同细菌(349株由邵老师分离),分属于6个纲90个属,其中以Alphaproteobacteria纲和Gammaproteobacteria纲为主,比例分别为40%和29%。90个属中,数量排在前十位的依次为Marinobacter属(13%)、Alcanivorax属(9%)、Erythrobacter属(7%)、Halomonas属(6%)、Sulfitobacter属(5%)、Pseudoalteromonas属(5%)、Alteromonas属(3%)、Oceanicola属(3%)、Pseudomonas属(3%)和Idiomarina属(2%)。其中,16SrRNA基因相似性低于98%的潜在新种有29株。为了进一步分清其分类地位,本研究选取了5株潜在新种,通过16SrRNA基因序列及其系统发育树分析、生理生化分析、化学成分分析及分子生物学分析等方法对其进行了系统的分类鉴定工作,结果显示：22Ⅱ-S10r2菌株为Gammaproteobacteria纲的一个新属,并将其命名为Maricoccusatlantica;22Ⅱ-S10s菌株为Roseivivax属的一个新种,命名为Roseivivaxatlanticus,该菌株为该属发现的第七株模式菌株；22II-S11g菌株为Oceanicola属的一个新种,命名为Oceanicolaatlantica,该菌株为Oceanicola属发现的第七株模式菌株；22II-S11-z10菌株为Actibacterium属的一个新种,命名为Actibacteriumatlantica;22II-S11-z7菌株为Aquimarina属的一个新种,命名为Aquimarinaatlantica。本研究所分离到的菌株,为后续海洋微生物的研究提供了大量菌种资源。其中,潜在的重金属(Cu2+、Cd2+和Cr6+)抗性菌共有有32株。潜在的石油降解菌共分离到77株菌株,分属于32个属40个种,其中以Alcanivorax属、Martelella属、Oceanicola属、Sulfitobacter属和Muricauda属五个属占的比例较高。本研究分离得到了大量菌种资源,同时对5个细菌新种进行了系统的分类鉴定,这对了解南大西洋可培养微生物的多样性提供了重要的参考信息。
【作者】李贵珍；
【导师】邵宗泽；
【作者基本信息】厦门大学，生物化学与分子生物学，2014，硕士
【关键词】南大西洋；深海；可培养细菌；细菌新种；分类鉴定；

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