【摘要】分子动力学模拟可以用来研究生物大分子体系的各种性质,如：预测受体和配体之间的亲和力,模拟蛋白质的折叠过程,研究蛋白质与细胞膜之间的相互作用、离子通道以及酶的催化反应等等,因此逐渐受到科学家的重视。分子动力学模拟理论将每个原子看成一个球,原子与原子之间通过弹簧连接,模拟体系在高维的势能函数面上运动。目前,存在多种不同的势能函数,如：AMBER,CHARMM,OPLS等,所有的势能函数都可划分 […]

【摘要】第一个分子动力学模拟距今约37年,开启了生物物理“从结构到功能”的新纪元。分子动力学模拟在原子水平上揭示了生物分子随时间的动力学和热力学性质,为解释重要的生物现象,探索生物分子的作用机制、功能提供了一个强有力的工具。此外,分子动力学模拟也成为解释实验现象,揭示实验本质的一个重要补充手段。实验科学家已成功利用分子动力学模拟计算了氨基酸电离的电离常数,酶反应的能垒等诸多重要问题。目前,分子动力 […]